Dans le Tokyo bombardé de la Seconde Guerre mondiale, Mahito, 11 ans, perd sa mère dans l'incendie de l'hôpital où elle travaillait. Le jeune orphelin est envoyé par son père dans le petit village de campagne où sa mère a grandi. Mais Mahito peine à s'adapter à sa nouvelle vie et ne parvient pas à faire son deuil. Intrigué par un mystérieux héron cendré, il découvre une tour en ruine dans laquelle il finit par pénétrer. Le garçon y découvre un univers magique peuplé notamment de Warawara, des esprits en forme de bulles, ou de perruches géantes...