1947, à Tokyo. Deux ans après la fin de la Seconde Guerre mondiale qui a laissé le pays en ruines, la population japonaise tente tant bien que mal de remonter la pente, mais le répit se révèle malheureusement de bien courte durée. En effet, les habitants de la capitale assistent ébahis à l'arrivée d'un monstre gigantesque, qui débarque des eaux de la baie pour semer la terreur et tout détruire sur son passage. Ancien pilote kamikaze et déserteur à l'honneur bafoué, Koichi reconnaît immédiatement le monstre auquel il a déjà fait face durant le conflit, lorsqu'il a été forcé d'atterrir d'urgence avec son avion sur une île isolée...