Un vaisseau fend les airs à grande vitesse. A son bord, la jeune Sheeta tente d'échapper à ses poursuivants, des pirates. Elle tombe au cours de la poursuite, mais sa chute dans le vide est ralentie par un mystérieux médaillon qu'elle porte autour du cou. Pazu, un jeune mineur, découvre la jeune fille et décide de l'aider. Les deux adolescents font la connaissance d'un vieil homme qui leur révèle l'origine de la pierre : la légendaire cité aérienne de Laputa. La jeune fille confie alors à son ami qu'elle est la descendante des souverains de Laputa et qu'elle possède, grâce à la pierre, certains de leurs pouvoirs. Les pirates, qui continuent à les poursuivre, tentent eux aussi de retrouver la mythique cité...