Alors qu'il coule des jours heureux auprès des Brown dans le paisible quartier de Windsor Gardens de Londres, Paddington reçoit une lettre troublante qui vient briser sa quiétude. En effet, la Maison des ours retraités, située au Pérou, l'informe que sa tante Lucy, pensionnaire de l'établissement, se comporte d'une manière étrange. Ni une ni deux, Paddington décide immédiatement d'embarquer dans un vol afin de partir lui rendre une petite visite. La famille Brown et le sympathique ours se plongent alors dans un voyage inattendu et plein de mystères à travers la forêt amazonienne et jusqu'aux sommets des montagnes du Machu Picchu...